edgeR : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data is a research paper published in Bioinformatics (2009). On theSindex it has a DataRank of 1.6. It has been cited 44,025 times.
Scored on demand from live citation data
Linked data & code
DataRank reads this dataset's downstream impact straight off the citation graph — no black box, no proprietary weighting. How is this computed?
FAIR checklist signals are shown for context only and do not affect DataRank scoring.
We only score data papers we can read in full — never from an abstract alone.
Base Score Contribution
1.6
From this paper's citation signal
Citation Network Contribution
0
Citation network not refreshed for this result
This paper's DataRank is currently driven only by its base citation score. Citation network data was not refreshed for this result.
Learn more about DataRank methodology →National Health and Medical Research Council (NHMRC)
Grant: 361646
Independent MRI Infrastructure Grant - Grant ID:361646
National Health and Medical Research Council (NHMRC)
Grant: 406657
Bioinformatic Analysis and Functional Geonomics
FWCI
42.46
Citation Percentile
1.0%
Citation Trend
Fields of Study
MeSH Terms
Keywords
rosetta: A Python interface to R/Bioconductor
rosetta: A Python interface to R/Bioconductor
Круговая дендрограмма ко-экспрессии генов семейств DREB и ауксинового сигналинга у Q. robur в условиях засухи
Комплексная характеристика ключевых регуляторных генов (хабов) системы ответа на засуху у Q. robur
Взвешенная сеть ко-экспрессии генов семейств DREB и ауксинового сигналинга Q. robur в условиях водного стресса: красным отмечены факторы транскрипции DREB/AP2-ERF; синим — компоненты Aux/IAA и ARF
Динамика транскрипционного отклика регуляторных генов Q. robur в условиях водного стресса: А - тепловая карта экспрессии генов семейства DREB Q. robur при водном стрессе, На тепловой карте представлены профили экспрессии 42 генов подсемейства DREB/CBF (AP2/ERF) в условиях засухи, полива и контроля; Б - тепловая карта экспрессии генов ауксинового сигналинга Q. robur, профили 36 генов семейств Aux/IAA и ARF, кластеризация разделяет гены на группы специфичной индукции и репрессии при засухе, для обработки данных использована нормализация Z-score (красный - активация, синий - супрессия)
На графике Volcano plot представлена статистическая оценка транскрипционного ответа
Ключевые гены семейств DREB и Aux/IAA: дифференциальная экспрессия (edgeR) и роль в сети WGCNA
Консервативные домены белков семейства Aux/IAA Q. robur: А - архитектура доменов; цветовые блоки: красный - домен PB1-типа (Motif 1); фиолетовый - сайт связывания (Motif 2); зелёный - субдомен I; голубой - вариабельный регион; Б - логотипы ключевых мотивов с указанием p-value и позиций в белке
Консервативные домены белков семейства DREB/CBF Q. robur: А - архитектура доменов 10 представителей семейства; красный - домен AP2/ERF (Motif 1); оранжевый - кислый регион CMIII-1; зелёный - область CMIII-3 (WLG-мотив); Б - логотип домена AP2/ERF с выделением функциональных участков: NLS, сайт связывания ДНК, WLG-мотив
Хромосомное распределение генов семейств DREB и ауксинового сигналинга у Q. robur: А - идиограмма 12 хромосом Q. robur с указанием позиций идентифицированных генов; красные точки - гены транскрипционных факторов DREB/AP2-ERF (n = 72); синие точки - гены ауксинового сигналинга Aux/IAA (n = 36), длина хромосом соответствует референсному геному v3.1 (GCF_932294415.1), серые области на концах хромосом обозначают теломерные регионы; Б - количество генов каждого семейства на хромосому, наибольшая концентрация генов DREB выявлена на Chr1 (n = 17) и Chr4 (n = 11), тогда как гены Aux/IAA распределены относительно равномерно на Chr8 (n = 7) и Chr9 (n = 7)
Анализ дифференциальной экспрессии DREB- и ауксин-зависимых генов у Quercus robur L. в условиях засухи
Additional file 14 of Host-specific co-evolution likely driven by diet in Buchnera aphidicola
Additional file 14 of Host-specific co-evolution likely driven by diet in Buchnera aphidicola
Additional file 13 of Host-specific co-evolution likely driven by diet in Buchnera aphidicola
Additional file 13 of Host-specific co-evolution likely driven by diet in Buchnera aphidicola
Additional file 12 of Host-specific co-evolution likely driven by diet in Buchnera aphidicola
Additional file 12 of Host-specific co-evolution likely driven by diet in Buchnera aphidicola
Additional file 11 of Host-specific co-evolution likely driven by diet in Buchnera aphidicola
Additional file 11 of Host-specific co-evolution likely driven by diet in Buchnera aphidicola